Physiologische oder funktionelle Herzgeräusche entstehen durch schnellen, turbulenten Blutfluss in grossen Gefässen ohne zugrundeliegende strukturelle Ursache. Sie können grundsätzlich bei Pferden jeden Alters auftreten, werden jedoch häufig bei Fohlen und bei trainierten Sportpferden gehört. Veränderungen der Blutviskosität und der Blutflussgeschwindigkeit, z.B. bei Anämie, Hypoproteinämie, Fieber oder Kolik, können das Auftreten von funktionellen Herzgeräuschen begünstigen. Funktionelle Herzgeräusche sind in der Regel nicht sehr laut (Grad 1-3/6) und oft labil (d.h. je nach Herzfrequenz sowie Volumen- und Blutdruckverhältnissen unterschiedlich laut bzw. hörbar oder nicht hörbar). Meist handelt es sich um Austreibungsgeräusche, welche frühsystolisch mit einem PM über der Aortenklappe auftreten. Bei jungen und sportlichen Pferden kann gelegentlich auch ein kurzes, quiekendes diastolisches Füllungsgeräusch gehört werden.